ある日突然、WaitKeyが動作しなくなりましたが、自己解決しましたので、参考になればと思い、ご報告します。
結論としましては、ゲームパッドのボタンが押され続けていたためだったので、パッドを外すことで解決しました。
（今回はドラムマニアコントローラを変換機にて接続、特殊コントローラのため、一部のボタンが常に押され続けている仕様）

パッドやマウス、キーボードのボタン、キーが押され続けたままWaitKeyが呼ばれると、
そのボタンを離すまで、WaitKeyは動作しないようです。
もしうまく動かないときは、入力機器も疑ってみてください。