使える画面サイズに合わせていくと、一部の新しいPCとゲーム用のハイスペックPCを除く大半のPCが画像処理能力不足になります。
いくら大きな解像度が使えても、処理が追い付かなければユーザーにとってはストレス以外の何物にもなりません。
よって画面サイズはデフォルトもしくは800x600をおすすめします。
また、画面解像度を動的に変更するとなると、描画位置の指定に浮動小数点小数を使い描画時に解像度に変換して、画像を解像度に合わせて拡大縮小して…というしちめんどうな事になります。当然ながら処理が重くなります。
別の方法として新しく画面バッファを一枚用意して描画を全てそちらにしてからScreenFlip関数直前に裏画面に拡大縮小描画する手法は解像度を小さな方に合わせると解像度を上げる意味が失われ、大きな方に合わせると古いPCでは処理が追い付きません。
他の方法も似たり寄ったりです。解像度は固定にすることをお勧めします。