ライブラリバージョンは、
3.00
でチェックしました。（アルファベット文字なし）

SetUseDirectDrawFlag(FALSE);
を
DxLib_Init()
直前に置くと、
DrawLine　関数で、太さを指定した時に描画されない現象が起きました。
(太さ：2　でテストしました。再現性100%(数回チェック済み))


環境：
Windows XP SP3
Visual C++ 2008 Express Edition


＊追記
報告後で申し訳ないのですが、
＞SetUseDirectDrawFlag(FALSE);
は使わない事にしたので、修正するかどうかはお任せします。

一応報告までと思っていただければ。